Die Hochschule Heiligenkreuz besteht aus
9 Instituten und 2 Forschungsinstituten, dem EUCist und dem EUPHRat:

 

1. Institut für Philosophie
2. Institut für Ethik und Sozialwissenschaften
3. Institut für Biblische Wissenschaften
4. Institut für Kirchengeschichte und Kirchenrecht
5. Institut für Pastoraltheologie und Religionspädagogik
6. Institut für Moraltheologie
7. Institut für Spirituelle Theologie und Religionswissenschaft
8. Institut für Liturgiewissenschaft und Kirchliche Musik
9. Institut für Dogmatik und Fundamentaltheologie
10. EUCist - Europainstitut für Cistercienserforschung
11. EUPHRat - Europäisches Institut für Philosophie und Religion